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99%覆盖度+均一性<10:君跻生物CRISPR-sgRNA文库一站式方案,用标准定义精准
发布时间:2025-05-23
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在生命科学的探索中,基因功能研究始终是核心命题。从疾病治疗靶点挖掘到作物育种改良,精准解析基因功能至关重要。然而,传统方法如化学诱变效率低下,RNAi 技术又受限于敲低不完全和脱靶效应,难以满足高通量、高精准的筛选需求。

 

直到CRISPR-Cas9第三代基因编辑技术的出现,彻底改变了游戏规则!相较于 ZFN 和TALEN,它凭借设计简单(仅需20nt sgRNA)、全基因组覆盖、编辑彻底(敲除而非敲低)等优势,成为基因功能研究的 “金标准”。尤其是全基因组 CRISPR-Cas9敲除文库筛选(GeCKO),已被证实比shRNA 筛选结果更一致、验证率更高、假阴性率更低,能真正实现基因的完全失活,让必需基因鉴定更可靠!

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想系统开展CRISPR筛选?这张 “流程图” 带你理清关键环节:

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CRISPR-Cas9文库筛选的每一个流程,对于筛选的成功都至关重要。在CPRISPR-Cas9文库设计方面有哪些注意事项呢,一一列举。

sgRNA设计:精准与效率的平衡
  • 高编辑活性:优选高GC含量、避开同聚物(如≥4个T)

  • 低脱靶性:通过生物信息学工具严格比对基因组

  • 敲除彻底性:确保切割位点诱导移码突变

文库质量控制:数据可信度的基石
  • 合成正确率:行业平均突变率5‰时,100nt sgRNA正确比例仅60.6%;君跻基因凭借 1‰突变率,正确率达90.5%!

  • 覆盖度:以12万条人全基因组文库为例,99%覆盖度意味着仅丢失120条sgRNA

载体选择:单质粒vs双质粒
  • 单质粒操作简便,适用广泛,需注意慢病毒包装量

  • 双质粒:需构建Cas9稳转细胞系,需从mRNA、蛋白、编辑效率多维度验证

病毒递送:慢病毒为何成为首选
  • 逆转录病毒仅感染分裂细胞,AAV容量小(<4.2kb)且整合率低

  • 慢病毒可感染分裂 / 非分裂细胞,整合稳定,是文库筛选的黄金载体

筛选策略:正向vs反向筛选
  • 正向筛选:找抗性基因(如药物/病原体耐受)

  • 负向筛选:挖关键基因(如细胞生长必需基因)

  • 关键:低MOI感染(0.3-0.5)确保单病毒入胞,每组sgRNA细胞感染数>500,平行实验≥2次

     

CRISPR-sgRNA文库筛选一站式解决方案
君跻基因具有完善的全基因组sgRNA设计平台、全基因组sgRNA oligo pool合成平台、sgRNA文库质粒构建和质检平台、慢病毒包装、细胞系编辑平台、CRISPR筛选NGS测序及分析平台,满足基因编辑研发到产业化不同阶段的需求。

服务流程:

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君跻基因CRISPR sgRNA质粒文库交付标准:

  • 覆盖度:≥99%

  • 均一性:<10

  • 质粒总量:≥200 μg(无内毒素)

  • NGS测序深度:≥300 ×

覆盖度:NGS测序分析sgRNA数量与预期sgRNA数量的比值,越接近100%,说明文库质量越好。

均一性:均一性根据各样本 sgRNA 数目,统计其分布斜率,并进行可视化展示。累积分布达到90%时对应的 sgRNA 数目与累积分布达到10%时对应的 sgRNA 数目的比值即为文库的均一性,一般认为,均一性 < 10,则文库均一性合格,越接近1文库均一性越好。

注:均一性对实验的影响:均一性越低,不同sgRNA之间越平均,出现低频sgRNA数目越少,在后续实验过程中由于sgRNA文库质量而丢失的可能性越低,最终分析结果则越接近真实情况。

案例分享:

646647君跻基因以高精准、高效率、高性价比的一站式服务,让每一个sgRNA 都成为解开基因密码的钥匙!如需了解相关服务详细,可发送邮件至marketing@gentlegen.com或致电:0512-6799 8818转8888。

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