
为什么需要对照实验?RNAi实验中又需要添加哪些对照?
对照实验是RNAi实验的基础,缺失对照将无法区分观察到的表型是由靶基因沉默造成的,还是由转染操作、非特异性效应或其他实验变量造成的。通常建议添加阳性对照和阴性对照。
阳性对照用于评估实验细胞系和转染试剂的转染效率。
阴性对照用于排除非特异性压力反应,帮助确认基因表达水平的降低是否是序列特异性的RNAi的结果。避免非特异性基因沉默现象。
转染的最佳使用浓度是多少?
siRNA和ASO的最佳使用浓度没有固定值,通常siRNA在1-100nM之间,ASO在10-100nM之间,需根据细胞类型、转染方法和实验目的等进行预实验优化。

对于易转染的细胞系,可选择较低浓度;对于难转染的细胞系,可能需要适当提高浓度。建议设置多个浓度梯度,在转染后24-48小时检测靶基mRNA沉默效率(qRT-PCR)。在保证有效沉默的前提下使用尽可能低的浓度,以降低脱靶效应和细胞毒性。
转染过程中发现大量细胞死亡,如何处理?
调整转染试剂的浓度。转染试剂本身可能具有一定的细胞毒性,尤其是一些阳离子脂质体或高分子聚合物。
转染后及时更换培养液。转染复合物与细胞接触时间过长,可能会持续损伤细胞。
确保细胞处于良好的生长状态。细胞的健康状态是抵抗外界刺激的基础。转染前应使用低代数(<20代),处于对数生长期且融合度在70-90%之间的细胞。状态不佳的细胞对转染试剂的耐受性显著降低。
优化转染试剂与siRNA的比例(N/P比)。转染效率与细胞毒性之间的平衡,很大程度上取决于转染试剂与核酸形成的复合物的电荷比。过高的正电荷比会导致复合物过于密集,提高入胞效率的同时,加剧细胞膜损伤。

什么原因可能导致观察不到预期的效果?
浓度过低或作用时间不足,可适当提高浓度或延长作用时间进行尝试。
转染效率低,导致细胞内siRNA/ASO含量不足,可优化转染条件,如更换转染试剂、调整转染试剂比例、细胞密度等。
目的基因mRNA水平过低,建议实验细胞系中目的基因的Ct值小于30,才能够用于敲低实验,否则建议更换实验细胞系。
靶基因存在代偿机制,即使抑制了该基因的表达,其他基因可能代偿其功能,导致表型不明显。
siRNA/ASO发生降解,可通过琼脂糖凝胶电泳等方法检测其完整性。
siRNA/ASO序列设计不合理,未有效结合靶mRNA,可重新评估序列设计或更换序列。
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